1. חבר את מכונת מסנן השמן לאספקת החשמל וחבר את צינורות השמן הנכנס והיציאה. על פי דיאגרמת זרימת התהליך, סגור את כל השסתומים המחוברים כלפי חוץ (1, 9, 10, 13, 16, 17), ופתח את השסתומים 2 ו-4 (או 3 ו-5, באמצעות שני מסננים ראשיים בהתאמה, או בו-זמנית), 6 ו-19 כדי ליצור נתיב סינון שמן.
2. הפעל את משאבת הוואקום. כאשר דרגת הוואקום מגיעה ל-0.07 MPa, פתח באיטיות את שסתום הכניסה 1 כדי לאפשר לשמן לזרום בהדרגה לתוך מכונת מסנן השמן.
3. שים לב למפלס השמן על מפריד הוואקום. כאשר מפלס השמן מגיע לנקודת בקרת הציפה, פתח את שסתומי כדור היציאה 12 ו-19.
4. הפעל את משאבת השמן (הערה: ניתן להפעיל את משאבת השמן רק כאשר שסתום היציאה פתוח, אחרת היא עלולה לגרום לסכנת התפוצצות בצנרת). לאחר מכן השמן ישוחרר מהשקע, ובכך תיווצר מערכת סינון במחזור במכונת מסנן השמן. כוונן את שסתום כדור הכניסה 1 כדי להשיג איזון בסיסי בין זרימת שמן הכניסה והיציאה, ולאחר מכן בקר המפלס ישלוט באופן אוטומטי בזרימה.
5. לאחר שהשמן השלים מחזור וסינון רגילים דרך מסנן השמן (כלומר, נפחי השמן הנכנסים והיוצאים מאוזנים), ניתן להפעיל את המחמם. הגדר את בקר הטמפרטורה בין 45~70 מעלות (התאם לפי הצורך) כדי לשמור על טמפרטורה קבועה לחימום השמן, תוך הבטחת הסרת גז והתייבשות נכונה על ידי מפריד הוואקום.
6. לאחר שמסנן השמן פועל במלואו, הפעל את המאוורר על המצנן כדי להפעיל את מערכת קירור האוויר המאולצת, ולוודא שאדי מים וגזים מסוננים מתקררים ומושקעים במאגר המים בתוך המצנן.
7. לאחר פרק זמן של פעולה ניתן לקחת דגימות לבדיקה בשסתום הדגימה של מסנן השמן.
8. אם לשמן יש תכולת מים גבוהה ויצר אמולסיה (כלומר שמן מתחלב), ניתן לפתוח את שסתום הכדור 7, ולאחר מכן לסגור שסתום כדורי 6, על מנת לאפשר לשמן לעבור דרך מפריד המים לצורך דהמולסיפיקציה והתייבשות.
9. לשמן הדורש טיפול נוסף, ניתן להוסיף כמות מתאימה של עזר לסינון כדי להפוך את השמן המסונן לצלול ושקוף יותר.